Kościół św. Trójcy w Kownie położony jest w południowej części Starego Miasta, tuż przy Placu Ratuszowym. Budowla wznosi się w bezpośrednim sąsiedztwie dawnego pałacu Massalskich. Świątynia została zbudowana w latach 1624–1634. Głównym fundatorem kościoła był Aleksander Massalski, wojewoda miński i marszałek kowieński. Obiekt wzniesiono z przeznaczeniem dla żeńskiego zakonu bernardynek.
Świątynia reprezentuje styl późnorenesansowy z widocznymi, wcześniejszymi elementami gotyckimi. Kościół zbudowano na planie prostokąta, a jego wnętrze jest podzielone na trzy nawy przez filary. W prezbiterium oraz nawach znajduje się dziewięć historycznych ołtarzy. W 1864 roku, po powstaniu styczniowym, władze carskie skasowały zakon bernardynek. Opuszczone zabudowania poklasztorne przekazano w 1864 roku Kowieńskiemu Seminarium Duchownemu, które funkcjonuje w tych historycznych murach do dnia dzisiejszego.
W 1926 roku w murach świątyni doszło do pogromu polskiej ludności przez Litwinów, co zapisało się tragicznie w dziejach miasta. W latach 1938–1940 kościół przeszedł gruntowną przebudowę według projektu znanego architekta Mykolasa Songaili. Celem tych prac było powiększenie przestrzeni dla rosnącej liczby parafian. W wyniku XX-wiecznych przekształceń wnętrze kościoła zmieniło swój wystrój z bogatego barokowego na bardziej minimalistyczny. W okresie władzy radzieckiej świątynia została zamknięta i służyła celom świeckim. Po odzyskaniu niepodległości przez Litwę obiekt sakralny zwrócono wiernym oraz seminarium.

















































